Mark Gurman skriver i sitt veckobrev att iPhone Duo var planerad att få en helt ny Apple Pencil som var kortare och som kunde fästas magnetiskt på sidan vid gångjärnet. Gurman påstår dock att Apple stötte på patrull innan den hann gå i massproduktion och Apple valde då att skrota den. Istället blev det så att Duo får stöd för vanliga Apple Pencil med USB-C men stödet är inte på plats när telefonen väl släpps.
Anledningen till detta är att iPhone Duo inte utvecklades för just den pennan och Apple måste först uppdatera mjukvaran och genomföra en hel del tester innan det är klart. Apple själva säger att stöd för pennan ska komma innan årets slut. Exakt vad som gick fel med den lite mindre pennan framgår inte så det återstår att se om de tar upp idén igen med uppföljaren till iPhone Duo längre fram.